商铺转让纠纷可以寻求以下部门或途径进行解决：
一、人民调解委员会
当事人可以向当地的人民调解委员会申请调解。人民调解委员会是一个中立的第三方机构，可以帮助双方协商解决纠纷。
二、工商行政管理部门
如果商铺转让纠纷涉及到合同问题，当事人也可以向当地的工商行政管理部门申请行政调解。工商行政管理部门可以对合同纠纷进行调解，并帮助双方达成协议。
如果双方同意，也可以将纠纷提交给仲裁机构进行仲裁。仲裁机构会根据双方提供的证据和法律规定，做出具有法律约束力的裁决。
如果无法通过调解或仲裁解决纠纷，当事人可以向当地的人民法院提起诉讼。人民法院会根据相关法律规定和证据，对纠纷进行审理，并做出判决。
综上所述，商铺转让纠纷可以通过人民调解委员会、工商行政管理部门、仲裁机构或人民法院等部门或途径进行解决。具体选择哪种方式，需要根据纠纷的具体情况和双方的意愿来决定。
此外，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三条和《中华人民共和国民法典》的相关规定，公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用相关法律规定。因此，在处理商铺转让纠纷时，应遵守相关法律法规，以确保双方的合法权益得到保障。