(一)在实施监管计划过程中，发现企业有违反《出口食品生产企业卫生注册登记登记管理规定》的情形，需要企业限期整改(整改期间暂停受理出口报检)、吊销注册登记证书、或注册证书自动失效等决定时，由各直属局注册登记工作部门会同法制部门、检验检疫部门处理。
(二)在实施监管计划过程中，发现企业加工用的动物源性原料、辅料没有畜牧兽医部门出具的检疫合格证明的(核查证明是否属实)，或是来自国家认定的动物疫区的，应责令企业暂停该批产品的生产加工和出口，情节严重的可暂停该企业所有产品出口。根据有关规定和程序，作出限期整改(整改期间暂停受理出口报检)、吊销注册登记证书、或注册证书自动失效等决定。
(三)在实施监管计划过程中，发现企业加工用的动植物性原料、辅料使用了违禁药物，或未按规定使用农药、兽药，应责令企业暂停该批产品的生产加工，并对该批产品采取控制措施，未经许可不得转口或转内销，情节严重的可暂停该批产品出口。
(四)在实施监管计划过程中，发现企业加工用的动植物原料、辅料来自于国家或地方有关部门组织"残留监控"中被检出超标饲养场、种植场的，应责令企业立即停止接受该饲养场、种植场的原料、辅料，并暂停相关原料、辅料用于生产加工出口产品，其正在生产的半成品、成品应当予以封存，经检验检疫合格后方可继续生产或出口。
(五)在实施监管计划过程中，发现企业使用的高风险动植物性原料、辅料是来自非注册登记企业，应要求加工企业停止购进和采用该原料、辅料加工出口产品。