营业执照两年未进行年审并因此被列入经营异常名录时，应当采取以下措施进行处理：
补报年审并申请移出经营异常名录
对于未按规定报送年度报告的企业，首先应当补报未报年份的年度报告并进行公示。完成补报后，再向工商部门申请移出经营异常名录。
需要注意的是，根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的规定，市场主体应当依照条例办理登记，并按时进行年审。未按时年审将导致被列入经营异常名录，影响企业的正常运营和信用记录。
履行信息公示义务
如果企业未按规定履行即时信息公示义务，应先履行其信息公示义务，再向工商部门申请移出经营异常名录。
信息公示是企业法定义务的一部分，包括企业通信地址、邮政编码、联系电话、电子邮箱等信息的公示，以及企业开业、歇业、清算等存续状态的公示等。
更正公示信息并申请移出经营异常名录
如果企业在公示信息时隐瞒真实情况或弄虚作假，需要更正其公示的信息，并向工商部门申请移出经营异常名录。
公示信息的真实性和合法性是企业的法定义务，任何虚假信息都可能导致企业被列入经营异常名录。
对于失联企业，需重新取得联系或办理变更登记
如果企业因失联被列入经营异常名录，应依法办理住所或经营场所变更登记，或提出通过登记的住所或经营场所可以重新取得联系，然后申请移出经营异常名录。
失联企业是指无法与企业取得联系的情况，这可能是由于企业未及时更新联系方式或搬迁等原因导致的。
提交相关证明材料并申请行政复议或行政诉讼
如果企业对被列入经营异常名录有异议，可以自公示之日起30日内向作出决定的工商行政管理部门提出书面申请并提交相关证明材料。
此外，企业对被列入经营异常名录的决定还可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
综上所述，企业在营业执照两年未审被列入经营异常名录后，应当根据具体情况采取相应的措施进行处理，包括补报年审、履行信息公示义务、更正公示信息、重新取得联系或办理变更登记等。同时，企业也有权对相关决定提出异议并申请行政复议或行政诉讼。在处理过程中，企业应当遵守相关法律法规的规定，确保合法合规经营。