营业执照遗失后，注销公司的流程可以分为以下几个主要步骤：
一、准备阶段
登报声明：
在营业执照遗失后，需要在市级公开发行的报纸上发布关于营业执照遗失的正式声明，明确表示已作废。同时，也需要通过国家企业信用信息公示系统声明作废，以确保公众知晓并避免可能的法律风险。
提供相关声明全文的完整报纸副本为证明。
准备注销申请材料：
法定代表人签署的注销申请报告，说明营业执照丢失情况及注销原因，并加盖公司公章。
公司董事会或股东会决议，同意注销公司并成立清算组进行清算。
清算报告，包括对公司财产、债权、债务的清理结果。
其他相关材料，如税务注销证明文件、公司股东会决议等。
二、清算与税务注销
成立清算组：
公司应成立清算组，并在成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上公告。清算组负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单等工作。
税务注销：
在注销公司前，需要先办理税务注销。这包括向原税务登记机关申请办理税务注销手续，先注销国税，再注销地税。税务局会核查公司是否完税，通过后领取《税务注销通知单》。
三、工商注销
提交注销申请：
在完成税务注销后，携带注销申请报告、清算报告、税务注销证明文件等相关资料，前往公司登记的工商局办理公司注销备案手续。
提交的材料中应说明营业执照已遗失，并提供通过国家企业信用信息公示系统声明作废的证明或刊登的《遗失声明》报纸。
审核与注销：
工商局会对提交的资料进行审核，确认无误后，会出具《准予注销登记通知书》，并同时注销营业执照。若因营业执照遗失无法缴回，工商管理部门会通过国家企业信用信息公示系统公告营业执照作废。
四、后续处理
银行账户注销：
携带相关资料前往公司开户行注销公司的开户许可证和银行基本户等其他账户。
印章注销：
到公司印章登记的公安机关注销掉公司印章的法律效应，以防止印章被滥用。