目前很多企业或自然人都不直接持股被投资公司，而是采用持股平台的方式，持股平台一般都是采用有限合伙企业的形式。合伙企业是“先分后税”的，针对合伙企业是可以直接“穿透”来看，涉税主要事项主要为三个方面：①合伙企业生产经营所得和其他所得；②合伙企业所投资的公司分红所得；③合伙企业对外转让所投资公司的股权所得。
涉及主要税法规定：《关于印发（财税【2000】91号）、《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税【2008】159号）、《关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》（财税55号）、《关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税【2019】8号）、《国家税务总局关于执行口径的通知》（国税函【2001】84号）。其中财税【2000】91号和财税【2019】8号是核心法规。
案例分析：A为有限合伙合伙企业，持有H公司5%股权，W公司3%股权，
M公司、李生、陈生、F公司持有A企业的财产份额分别为5%、40%、20%、35%。
1、A企业生产经营所得和其他所得
合伙企业本身并不具有法人地位，不属于企业所得税纳税主体，自身并不需要缴纳企业所得税。对合伙企业全部生产经营所得和其他所得，应按“先分后税”原则征收所得税，以每一合伙人为纳税人，分别缴纳个人所得税或企业所得税。自然人合伙人缴纳个人所得税，法人或者其他机构缴纳企业所得税。
自然人合伙人按照个体工商户经营所得征收，适用5%-35%的五级超额累进税率：
企业合伙人正常将所得并入当期收入按照适用企业所得税率缴纳企业所得税即可。
假设A企业201X年收入1000万元，费用200万元，涉税计算如下：
自然人合伙人李生所得：（1000-200）*40%=320万元
按照个体工商户经营所得个税计算结果为：应缴税款1105250元；税后收入2094750元。
合伙人F公司所得为：（1000-200）*35%=280万元，应并入当期公司收入计算缴纳企业所得税。计算略。
需要注意的是，合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。若A合伙企业当年是亏损的，其亏损份额不得抵减F公司和M公司的当年盈利。
关于合伙企业合伙人的应纳税所得额的确定，采用以下顺序：①按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额；②合伙协议未约定或者约定不明确的，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额；③协商不成的，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额；④无法确定出资比例的，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
注意：合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
2、A企业取得H公司和W公司的分红所得
个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
所以对于自然人合伙人李生、陈生，应按照“利息、股息、红利所得”计算缴纳个人所得税（20%税率）。
而对于合伙人M公司和F公司，不符合《企业所得税法》第26条“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益免征企业所得税”的范围，因为根据《企业所得税法实施条例》，只有“居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益”才符合此项规定，M公司和F公司是间接投资H公司和W公司。所以，法人合伙人F和M公司取得的分红不享受居民企业免征企业所得税优惠，应缴纳企业所得税。
3、A企业对外转让H公司和W公司的股权所得
对于法人合伙人，如M公司和F公司，取得该部分收入份额按照适用税率计算缴纳企业所得税。
如果是个人合伙人，要区分合伙企业是创投企业还是非创投企业，有不同的个人所得税处理：
①情况一：A企业是非创投企业
若A企业属于非创投企业，则A企业转让H公司或W公司股权，应依据“先分后税”原则，其个人合伙人李生、陈生的分配所得，是按照“个体工商户的生产、经营所得”缴纳个人所得税，适用税率5%—35%。
②情况二：创投企业
若A企业属于创投企业，则可以选择：
1、创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税;
2、创投企业选择按年度所得整体核算的，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照“经营所得”项目5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。
即A企业若选择按单一投资基金核算，其转让H公司或W公司股权所得，个人合伙人李生、陈生可以按照“财产转让所得”（20%税率）计缴个人所得税；如果选择按年度所得整体核算，个人合伙人李生、陈生按照“经营所得”项目计缴个人所得税（5%-35%的超额累进税率）。
但有一点需要注意，这里对于创投基金是有要求的，必须是是指符合《创业投资企业管理暂行办法》（发展改革委等10部门令第39号）或者《私募投资基金监督管理暂行办法》（证监会令第105号）关于创业投资企业（基金）的有关规定，并按照上述规定完成备案且规范运作的合伙制创业投资企业（基金）。如果是未经备案的创业投资基金，不能享受此政策。
4、A企业合伙人转让财产份额收入
合伙企业合伙人财产份额虽然不是公司股权，但依然可能进行转让，而且可能取得转让溢价，这时应该按经营所得缴纳5%—35%个税，还是按照20%财产转让收入呢？
在最新发布的个税法实施条例中，终于明确了投资份额应按照财产转让收入，而非经营所得收入。第六条 个人所得税法规定的各项个人所得的范围：（八）财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。因此合伙企业个人合伙人转让投资份额收入，应该按财产转让所得20%适用税率计算缴纳个人所得税，当然，如果是公司合伙人，应按照25%税率计算缴纳企业所得税。
即A合伙企业个人合伙人李生、陈生对外转让持有的A企业财产份额，应按照财产转让所得适用税率20%计缴个人所得税。
5、合伙企业涉及其他税种
①增值税
根据合伙企业的正常业务类型，区分不同的税率和征收率正常缴纳，正常对外开具增值税发票即可，和其他企业并无不同。
②印花税
合伙人份额不属于企业股权，因此合伙人转让合伙人份额，不属于印花税应税项目，不需要按“产权转移书据”缴纳印花税。
合伙企业出资额不计入“实收资本”和“资本公积”，不征收资金账簿印花税。
