一、解决路径分析
题主描述的问题，在实践中有两种解决方法，第一：受让方可要求解除《股权转让协议》，并要求返还已支付的股权转让价款，同时要求转让方承担违约责任；第二，受让方如果要求继续履行《股权转让协议》，可以依据《公司法》第86条规定请求法院判令公司配合办理工商变更登记。
如果通过诉讼方式主张权利，而变更的义务主体为目标公司，当受让方请求公司变更而公司拒绝或不予答复的，则受让方有权起诉请求变更登记。
管辖法院依据《最高人民法院关于适用的解释》第二十二条和《民事诉讼法》第二十七条的规定，应由公司住所地人民法院管辖，不适用被告住所地管辖的一般原则。
二、特别提醒
1. 在以公司为被告起诉，请求法院判令公司履行协助变更工商登记时是否需要追加转让人为第三人呢？
笔者认为需要根据每个案件的具体案情进行处理。如果股权转让的相关纠纷已通过生效判决得到解决，可以不用追加，否则，还是建议追加第三人。因为，在法院审查股权转让协议行为本身的效力（比如是否履行通知义务，是否侵犯其他股东的优先购买权等）以及履行情况时，追加转让人为第三人有助于查清案情事实，从而防止因被告提出股权转让协议无效、股权转让未履行完成等抗辩，导致需另行起诉处理股权转让纠纷，尽量在一案中处理变更登记争议。
2. 在主张权利之前还是要尽量审查，满足下列条件：
第一，协议签署系双方真实意思表示且合法有效；
第二，股权交易符合公司法的相关规定，未侵害其他股东的优先受让权等；
第三，公司股东会决议中已明确受让方为公司新股东，以及受让方的出资占公司注册资本的一定比例；
第四，受让方已经支付股权转让价款；
第五，《股权转让协议》的签订已经持续一段时间，转让方并无不予办理股权变更登记手续的合理理由。
三、相关法律依据
1.《公司法》第86条，股东转让股权的，应当书面通知公司，请求变更股东名册；需要办理变更登记的，并请求公司向公司登记机关办理变更登记。公司拒绝或者在合理期限内不予答复的，转让人、受让人可以依法向人民法院提起诉讼。
根据上述规定，变更的义务主体为目标公司，当受让方请求公司变更而公司拒绝或不予答复的，则受让方有权起诉请求变更登记。
2.《最高人民法院关于适用的解释》第二十二条，因股东名册记载、请求变更公司登记、股东知情权、公司决议、公司合并、公司分立、公司减资、公司增资等纠纷提起的诉讼，依照民事诉讼法第二十七条规定确定管辖。
3.《民事诉讼法》第二十七条，因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。
